Il est possible d'utiliser un document de type facture négative pour régler un autre document du même tiers.

Lors de la création d'une facture, et si le montant est négatif, il apparaît un onglet "Avoir".
Vous pouvez alors utiliser cette facture comme mode de paiement dans les autres documents, grâce au bouton "Règlements disponibles" qui clignotera pour ce tiers (onglet paiement de la saisie d'un document)
Dans cet onglet "Avoir", apparaîtra alors la liste des documents qui utilisent cet avoir.

Si par exemple, vous avez une facture négative de 150 euros, et que le client désire un remboursement de 100, mais utiliser les 50 euros pour régler une autre facture.
Créez la facture négative d'avoir de 150 euros.
Pour effectuer le remboursement de 100 euros : Dans l'onglet paiement, cliquez sur chèque et entrez -100 euros.
Il restera donc un avoir de 50 euros sur ce compte client.
Allez dans la facture de 50 euros, et dans l'onglet paiement, cliquez sur "Règlements disponibles" et choisissez l'avoir de 50 euros.

Pour désactiver cette fonctionnalité sur les factures.
Allez dans le menu Fichiers -> Config. -> modèles d'opération.
Sélectionnez facture, et l'onglet document -> général.
En bas décochez la case "Gestion des avoirs..."